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Hydrologie:
Der Ammersee ist einer der am besten untersuchten Seen Bayerns. Seine Wasserqualität wird vor allem vom aus den Kalkalpen kommenden Hauptzufluss Ammer bestimmt. Die Ammer entwässert rund drei Viertel des knapp 1.000 km² großen Einzugsgebietes. Ihre mittlere Abflussspende wird mit 16,6 Kubikmeter pro Sekunde beziffert (Pegel Fischen, Jahresreihe 1941/1989). Bei besonderen Wetterbedingungen, etwa wenn die Schneeschmelze mit anhaltend starkem Dauerregen einhergeht, kann die Abflussspende auf bis zu 600 m³/s ansteigen und stark von Schwebstoffen getrübt sein. Am Ende einer lang dauernden Trockenperiode sinkt die Abflussspende der Ammer bisweilen auf unter 3 m³/s. Die Amper als Abfluss führt bei einem mittleren Wasserstand des Sees von 140 cm (Pegel Stegen, Jahresreihe 1975/1994) durchschnittlich 21,1 m³ Wasser pro Sekunde ab. Die schwach ausgeprägten Niedrigwasserstände des Sees – der niedrigste gemessene Wasserstand betrug 119 cm am 14. August 1994 – belegen die starke Retentionswirkung (Rückhalte- und Speicherfunktion) des Ammersees. Der mittlere Hochwasserstand von 195 cm (Pegel Stegen, Jahresreihe 1975/1994) kann allerdings bei extremen Wetterereignissen deutlich überschritten werden, der höchste je gemessene Wasserstand betrug 337 cm am 27. Mai 1999. Bei Hochwasser dienen die im Norden und Süden angrenzenden Verlandungszonen als weiträumige Überflutungsfläche und bilden damit einen wirksamen Schutz vor Hochwasser. Vor allem die abwärts an der Amper gelegenen Orte gewinnen Sicherheit durch diese Schutzfunktion, da die teilweise extremen Hochwasserspitzen der Ammer den See stark gemildert und verzögert verlassen.
Biologie und Naturschutz:
Die in den 60er Jahren des 20. Jahrhunderts gefährdete Wasserqualität konnte durch umfassende abwassertechnische Sanierungsmaßnahmen wie dem Bau einer Ringleitung, der Inbetriebnahme der Kläranlage in Eching 1971 und der Sanierung der Kläranlagen im Ammer-Einzugsgebiet deutlich verbessert werden. Seit Mitte der Achzigerjahre hat sich die Nährstoffbelastung des Wassers vom eutrophen zum mesotrophen Bereich verlagert, das bedeutet die Nährstoffbelastung ist gering bis mäßig, die Produktion von Algen mäßig und die durchschnittliche Sichttiefe über 2 m. Die Nutzung des Ammersees als Badegewässer ist damit langfristig gesichert. Von den im See lebenden Fischen ist vor allem die Renke bekannt, eine wohlschmeckende, hauptsächlich in den Voralpenseen anzutreffende Felchenart, deren Vorkommen zu einer langen Tradition recht intensiver fischereilicher Nutzung des Sees geführt hat.
Mit den Naturschutzgebieten Vogelfreistätte Ammersee-Südufer und Ampermoos gehört der Ammersee zu den sieben international bedeutsamen Feuchtgebieten Bayerns nach der sogenannten Ramsar-Konvention. Am Westufer ist der Uferzugang bis auf kurze Strecken für die Allgemeinheit gesperrt, doch fast das gesamte Ostufer ist für die Öffentlichkeit zugänglich. Große Uferbereiche sind noch in naturnahem Zustand, die früher dichten Schilfbestände haben jedoch seit Ende der sechziger Jahre deutlich abgenommen.
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